万岁寺原名万岁院，始建于后周顺德二年（公元九五五年）。北宋时有太宗皇帝亲书匾额，是东京城具有皇家色彩的著名寺院。
北宋初期，太宗和真宗都崇尚佛教，在皇帝的倡导下，北宋时期“士大夫多修佛学”，“崇道教、兴佛法”、“营佛事、创梵宫”成为时尚。在此背景下，万岁院作为皇家寺院兴盛于世，经历后周、北宋、金三个朝代270余年，金末毁于战乱。
为了再现千年名寺辉煌，2005年夏，万岁院重建工程奠基动工，并更名为万岁寺，2005年冬，万岁寺首期工程竣工，于农历腊月二十一隆重开光。万岁寺的兴建，对弘扬中华佛教文化、振兴开封历史文化名城，发展旅游事业都具有重要而深远的意义。